CECAD

Bildanalyse

Die CECAD Imaging Facility berät Wissenschaftler darin, wie sie an die in den Bilddaten enthaltenen, interessanten Informationen gelangen. Hierfür bieten wir zwei Strategien an:

  • Anwendung von bereits verfügbarer Bildanalysesoftware
    Für viele bildbasierten Probleme gibt es bereits eine Vielzahl von Softwarelösungen. Wir unterstützen unsere Nutzer bei der Wahl der Software / Methode,  die am Besten zur Klärung der biologischen Fragestellung geeignet ist.
  • Entwicklung neuer Bildanalyse-Ansätze
    Für den Fall, dass keine passende Bildanalyse-Methode existiert, können wir maßgeschneiderte Bildanalyse-Algorithmen entwickeln. Solche Langzeit-Projekte (> 6 Monate) enden typischerweise mit der Publikation des entwickelten Ansatzes.
  • Verfügbare Bildanalyse-Software

Tool

Vendor

Application Example

HuygensScientific Volume ImagingImage Deconvolution
ImarisBitplane3D visualization and analysis visualization (modules: Coloc, MeasurementPro, Track, Vantage, Lineage, FilamentTracer, XT)
VolocityPerkinElmerMultidimensional processing and analysis
SymPhoTimePicoquantFluorescent lifetime imaging (FLIM) analysis
MatlabMathworksProgramming and visualization environment
FIJI/ImageJopen sourceimage processing and development
OMERO.insightopen sourceClient to access the OMERO image visualization and management server
Cellprofileropen sourceVersatile image analysis workflow designer
Ilastikopen sourceimage classification and segmentation
KNIMEopen sourceData analytics, reporting and integration platform

 

Dr. Astrid Schauss
Head of Imaging Facility
 +49 221 478 840 27
aschauss[at]uni-koeln.de

CECAD Cologne / Imaging Facility
CECAD Forschungszentrum
Joseph-Stelzmann-Str. 26
50931 Köln