Bildanalyse

Die CECAD Imaging Facility berät Wissenschaftler darin, wie sie an die in den Bilddaten enthaltenen, interessanten Informationen gelangen. Hierfür bieten wir zwei Strategien an:

  • Anwendung von bereits verfügbarer Bildanalysesoftware
    Für viele bildbasierten Probleme gibt es bereits eine Vielzahl von Softwarelösungen. Wir unterstützen unsere Nutzer bei der Wahl der Software / Methode,  die am Besten zur Klärung der biologischen Fragestellung geeignet ist.
  • Entwicklung neuer Bildanalyse-Ansätze
    Für den Fall, dass keine geeignete Methode existiert, können wir  Bildanalysealgorithmen adaptieren und weiterentwickeln. Diese langfristigen Projekte werden in Zusammenarbeit mit der Imagingfacility durchgeführt.
  • Verfügbare Bildanalyse-Software

Tool

Vendor

Application Example

  • Huygens (Scientific Volume Imaging): Image Deconvolution
  • Imaris (Bitplane): 3D visualization and analysis visualization
    (modules: Coloc, MeasurementPro, Track, Vantage, Lineage, FilamentTracer, XT, Cell)
  • Volocity (PerkinElmer): Multidimensional processing and analysis
  • SymPhoTime (Picoquant): Fluorescent lifetime imaging (FLIM) analysis
  • Matlab (Mathworks): Programming and visualization environment
  • FIJI/ImageJ (open source): image processing and development
  • OMERO.insight (open source): Client to access the OMERO image visualization and management server
  •  Cellprofiler (open source): versatile image analysis workflow designer
  • Ilastik (open source): image classification and segmentation
  • KNIME (open source): Data analytics, reporting and integration platform

Dr. Astrid Schauss CECAD

Dr. Astrid Schauss

Head of Imaging Facility

+49 221 478 840 27

aschauss[at]uni-koeln.de

CECAD Cologne / Imaging Facility

CECAD Forschungszentrum
Joseph-Stelzmann-Str. 26

50931 Köln