Die CECAD Proteomics Facility wendet neueste Methoden der Massenspektrometrie an, um den Alterungsprozess auf der Ebene der Proteine zu analysieren.  Die Plattform benutzt das sogenannten shotgun proteomics-Verfahren. Hierzu wird zunächst eine Lyse der Zellen initiiert, worauf eine Fraktionierung und Anverdauung der Proteine folgt. Die resultierende Proteinmixtur wird im Anschluss mittels des nano-UHPLC-Systems in einer sogenannten reversed phase-Chromatografie separiert. Die Peptide werden im Anschluss ionisiert und durch ein Quadrupole Orbitrap Hybrid-Massenspektrometer detektiert. Je nach Zielfragestellung und Art der Daten werden intakte Peptide durch MS Scans detektiert, woraufhin eine Peptidfragmentierung folgt, um die Sequenz festzulegen. Schlussendlich folgt eine posttranslationale Modifikation der Peptide.