Bildanalyse
Die CECAD Imaging Facility berät Wissenschaftler darin, wie sie an die in den Bilddaten enthaltenen, interessanten Informationen gelangen. Hierfür bieten wir zwei Strategien an:
- Anwendung von bereits verfügbarer Bildanalysesoftware
Für viele bildbasierten Probleme gibt es bereits eine Vielzahl von Softwarelösungen. Wir unterstützen unsere Nutzer bei der Wahl der Software / Methode, die am Besten zur Klärung der biologischen Fragestellung geeignet ist.
- Entwicklung neuer Bildanalyse-Ansätze
Für den Fall, dass keine geeignete Methode existiert, können wir Bildanalysealgorithmen adaptieren und weiterentwickeln. Diese langfristigen Projekte werden in Zusammenarbeit mit der Imagingfacility durchgeführt.
- Verfügbare Bildanalyse-Software
Tool
Vendor
Application Example
- Huygens (Scientific Volume Imaging): Image Deconvolution
- Imaris (Bitplane): 3D visualization and analysis visualization
(modules: Coloc, MeasurementPro, Track, Vantage, Lineage, FilamentTracer, XT, Cell) - Volocity (PerkinElmer): Multidimensional processing and analysis
- SymPhoTime (Picoquant): Fluorescent lifetime imaging (FLIM) analysis
- Matlab (Mathworks): Programming and visualization environment
- FIJI/ImageJ (open source): image processing and development
- OMERO.insight (open source): Client to access the OMERO image visualization and management server
- Cellprofiler (open source): versatile image analysis workflow designer
- Ilastik (open source): image classification and segmentation
- KNIME (open source): Data analytics, reporting and integration platform
Dr. Astrid Schauss
Head of CECAD / CMMC Imaging Facility
Telefon+49 221 478 840 27
E-Mailaschauss[at]uni-koeln.de
CECAD Cologne / Imaging Facility
CECAD Forschungszentrum
Joseph-Stelzmann-Str. 26
50931 Köln